药品出现不合格是制药公司在IPO过程中的大忌之一，而台城制药偏偏犯了此忌。公开资料显示，无论是台城制药自身还是其成立之初便收购的台山市台城制药厂(简称“台城制药厂”)都出现过药品不合格的情况。

在1998年第四季度全国药品抽验结果中，台城制药厂生产的维生素C片(0.1g)因假冒而被国家药监局撤销批准文号。时隔两年后，在全国2000年第一季度药品抽验中，台城制药厂因生产的盐酸雷尼替丁胶囊被验出假冒而再次被撤销批准文号。

台城制药也不例外，在2002年5月正式成立后，屡次出现产品不合格的现象。

根据国家食品药品监督管理局官网公告，在2003年第一季度劣药及其生产企业名单中，台城制药生产的的布洛芬片(0.1g)在海南瑞康药业有限公司被检出溶出度不合格。

在广西贺州市2004年1-11月抽检不合格药品名单中，台城制药生产的盐酸乙胺丁醇片(0.25g)在贺州市鹅塘卫生院被检出不合格。

在2008年第2季度湖北省药品质量公告药品不合格名单(三)中，台城制药再次名列黑榜，其生产的红霉素肠溶片(0.125g)被检出不合格。

此外，台城制药自称公司的“三废”排放达到了环保规定的标准，从未受过环保部门的行政处罚，并通过了环保主管部门的核查。但事实上，台城制药曾因废渣问题被村民举报，该举报后经台山市环保局调查确认为“环境污染”。

2011年9月14日，由台山市人民政府主办的台山市政府服务热线出现一则针对台城制药的网上投诉—“制药厂将废渣倒在山边，发出臭味影响村民”，举报人为雷先生。

雷先生反映：“台城制药厂将大量废渣倒在大江镇河木村委会大岭村牛山山边，发出难闻的臭味，影响村民的身体健康。请有关部门尽快处理。”

对此，台山市环保局回应：“现场调查该地方确存在雷先生反映的废渣，存放数量较多，气味浓恶臭难闻，据村委会(河木)书记反映是台城化学制药厂的废渣，有私人老板承包此地方私设场地堆放，面积大有六个硬底化池和对面大面积沼泽地堆放，造成废渣、废水的环境污染。”